国债运用效率应包括两方面的含义：从国债发行、流通、偿还的运行机制来看，应尽量做到降低国债发行成本、增强国债流通性和及时足额地偿还国债。从国债资金的具体使用项目来看，应努力提高国债资金使用对整个宏观经济的拉动作用，并且这种拉动作用不仅仅表现为资本量的增加，更表现为增长的质量，即不是粗放型的增长而应是集约型的增长。笔者从以下两个方面探讨提高国债运用效率的途径。
一、完善国债运行机制
1、国债设计的最优化
要提高国债的运用效率，降低国债的发行成本是必要的途径。应主要从以下几个方面考虑降低国债发行成本：
（1）国债规模确定的合理性。国债规模指标的同时，应特别注意一国政府的规范聚财能力。因为国债最终是要靠财政收入来归还的，若一国政府所聚集的财政收入占国民生产总值的比重较低，则决定了该国国债规模不能太大，否则可能发生债务危机。我国财政收入占国民生产总值的比重是较低的，况且还有大量的预算外资金游离于预算之外，客观上缩小了我国国债规模的空间，这应是政府衡量国债规模时考虑的重要因素之一。
（2）国债发行时点选择的合理性。出于通常情况下市场利率与国债票面利率的不一致性，若国债发行时点选择不当，则可能增加国债的发行成本。一般来说，国债发行应选择在银行降息之后和银行加息之前。我国目前的国债利率基本都是固定利率，银行降息之后有得于国债票面利率的低位发行从而降低发行成本。（3）国债期限结构的合理性。国债期限结构的合理性就是指要做到短期、中期、长期国债发行中的优化安排和在国债偿还时的均匀分布，从而达到政府特定的经济目的。一方面，在经济萎靡时，扩大短期国债的发行来活跃市场，充分发挥短期国债的扩张性作用；在经济热时期，增加长期国债的发行来收缩银根。另一方面，在利率较高时，多发行短期国债，在利率较低时，多发行长期国债，尽力降低国债的利息成本。
2、国债市场的现代化
（1）扩大国债一级自营商的权利和义务。我国1995年在国债发行中采用一级自营商制度，为发行的市场化和脱离行政摊派迈出了实质性的一步，但我国目前的国债一级自营商只在国债发行市场发挥作用，以国债一级自营商为基础的国债做市商制度还没有建立。我国要完善国债的二级市场，应提高国债的流通性，这需要一级自营商权利和义务的扩大。在二级市场上，给予一级自营商配合中央银行进行公开市场操作、自动取得同中央银行进行国债回购交易、抵押贷款、再贴现的权利，同时又必须承担回购报价、接受交易对方在所报价位上的任何交易而促进市场流通的义务。
（2）建立国债投资基金。一方面，可以在广大中小投资者与国债发行之间架起一座桥梁；另一方面，市商能充分发挥其活跃市场交易、促进国债流动的作用，有利于国债二级市场的完善。
（3）逐步建立全国统一的登记托管结算系统。在我国逐步建立统一的国债登记结算系统也是我国国债市场走向成熟的现代化的主要标志。我国目前还做不到国债全国范围内的全额托管和统一结算。国债托管结算系统的现状不利于防范市场风险和国债调控机制的建立，阻碍了全国统一国债市场的形成，完善国债托管结算系统是必须的，但应该分步骤进行。首先是扩大记帐式国债在政府债券中所占比例，再逐步实现全国国债市场的初步统一托管结算，最后建立国债的全额托管和统一结算系统。
（4）强化国债市场的法律监管。从历史发展角度来讲，我国的证券还是一个新兴市场，也只有把市场参与主体的各种交易活动控制在合理与合法的范围之内，才能更好保护投资者的利益和促进我国证券市场的健康发展。